O Prof. Doutor Manuel Antunes chegou a Coimbra a 21 de março de 1988, por convite, para chefiar o Serviço de Cirurgia Cardiotorácica dos Hospitais da Universidade de Coimbra. Desde então, realizou mais de 25 mil cirurgias de coração aberto, incluindo mais de 10 mil operações valvulares (cerca de 3.000 valvuloplastias mitrais e aórticas).

Enquanto membro e atual presidente da Cadeia da Esperança Portugal, organizou e participou em 17 missões cirúrgicas anuais no Instituto do Coração de Maputo, com mais de 350 doentes operados.

Hoje, o Centro de Cirurgia Cardiotorácica (CCT) do CHUC é considerado um centro de referência a nível nacional e internacional, muito devido ao trabalho desenvolvido pelo seu até então diretor. Como forma de reconhecimento, o conselho de administração do CHUC decidiu atribuir o nome do Prof. Doutor Manuel Antunes ao edifício onde está instalado o CCT.